Geschichte
Nach der letzten Eiszeit entstanden im Tunneltal der Trave großflächige Seen. Durch ihre Verlandung wurden Niedermoorflächen geschaffen, auf denen Schilfröhrichte und Auenwälder wuchsen. Aus der Steinzeit und der Bronzezeit sind Belege für Siedlungsaktivitäten im Moor gefunden worden (Brennermoor (Archäologisches Denkmal)).
im 19. Jahrhundert begann mit einem dichten Grabennetz die Entwässerung der Traveaue. Nachdem der Bund der Stormer vor dem Ersten Weltkrieg eine Schutzstellung erfolglos angestrebt hatte, leitete August Thienemann 1925 die erste umfassende naturwissenschaftliche Analyse des Moores.
Die Traveregulierung 1936 verstärkte die Entwässerung, sodass Erlen und nach 1945 auch Pappeln gepflanzt werden konnten. Außerdem wurden Torfstiche angelegt, um Brennmaterial zu gewinnen.
1964-1972 kartierte die Arbeitsgemeinschaft Geobotanik in Schleswig-Holstein und Hamburg e. V. unter der Leitung von Ernst-Wilhelm Raabe die Salzflächen. Damit schuf sie die Voraussetzungen für die 1978 erfolgte Ausweisung als Naturschutzgebiet. Die Bezeichnung „Brenner Moor“ gehört als Flurname zu den ehemaligen Moorwiesen südlich des heutigen Naturschutzgebietes, die unter der Mülldeponie begraben sind. Die Schutzgebietsverordnung übernahm die getrennte Schreibweise aus der Flurkarte.
Betreut von der Arbeitsgemeinschaft Geobotanik, begann anschließend die Wiedervernässung des Moores durch das Ende der Grabenunterhaltung und Schließen einiger Gräben. 1994 erfolgte die letzte Mahd auf einem kleinen Teil der Moorfläche. 2008 wurden Pappeln und Nadelbäume entfernt. Aus der Vernässung der Wolkenweher Niederung ab 2012 resultierte, dass das Moor Richtung Westen nicht mehr entwässert wurde.